2008年柯萨奇病毒A组16型北京地区分离株全基因组序列分析
目的：了解2008年北京地区肠道病毒A组16型（CA16）的全基因序列特点，积累CA16流行病学资料。方法：收集北京地区2008年手足口病（HFMD）患儿的咽拭子样本12份，对其中1份样品BJCA08，经Vero细胞分离培养，提取病毒RNA。利用RT-PCR扩增 CA16全长基因,并进行序列测定。利用DNAStar软件包的MegAlign进行核苷酸序列分析，构建系统进化树。结果：扩增得到涵盖CA16全基因组的4个片段，测序后拼接为CA16全基因组，命名为BJCA08株。BJCA08的5”非编码区（UTR）、P1、P2、P3、3”非编码区（UTR）、全基因组的核苷酸与GeneBank中的6株CA16全长进行序列比对。BJCA08与病毒株SHZH05、SHZH00、TW01、GZ08的核苷酸同源性较高，在各区域核苷酸同源性分别为96.5％～97.3％、93.5～97.1％、94.2％～99.7％、84.8％～94.6％、96.5％～98.8％、94.2％～94.6％。与病毒株G10和FY08的核苷酸同源性较低(<90％)。基于VP1和VP4进行基因分型，BJCA08均属于C1亚型。利用VP1和VP4对收集的GeneBank序列进行基因分型，结果基本相同。在VP1区，BJCA08与各亚型CA16病毒株的氨基酸同源性为90.9％～100.0％。结论 2008年北京地区HFMD患儿中CA16病毒分离株BJCA08为C1亚型，加强CA16病毒全基因组的研究,对HFMD防控具有重要意义。
手足口病 柯萨奇病毒A组16型 全基因序列 流行病学
姚昕 王军志 毛群颖 何鹏 周诚 诸秀峰 张卫 鲁凤民 梁争论 李凤祥
00050,北京,中国药品生物制品检定所 北京大学医学部 北京市疾病预防控制中心
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2010-11-01（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）