青枯雷尔氏菌RS91基因组深度测序的de novo组装和生物信息学分析

摘要：

青枯雷尔氏菌(Ralstonia solanacearum)是一种生长在土壤中的植物病原细菌，可在300多种单双子叶植物中引起毁灭性的细菌性青枯病，对植物的危害极大。本文采用Solexa-illumina新一代测序技术对青枯雷尔氏菌RS91的全基因组进行测序，该菌株为致病菌株。通过基因组测序，不仅为以后青枯雷尔氏菌基因功能的研究奠定了极为有利的基础，而且通过基因组学的研究，更能系统全面地揭示青枯雷尔氏菌的遗传本质和进化历史。青枯雷尔氏菌RS91 Solexa测序短序列(shortreads)的读长为54bp，构建了两种双末端测序(Paired End)的文库(Library)，分为长短两种，短的插入序列长度(工nsert length)为300bp，长的插入序列长度为2.5kbo RS91的有效读数，即高质量的短序列的数量共有21，046，530个，测序深度(Sequencing Depth)为203 X。

关键词： 青枯雷尔氏菌 RS91基因组 深度测序 de novo组装 生物信息学分析

作者: 唐唯其 林营志 刘波

作者单位: 福建省农林大学 福建省农科院农业生物资源所，350003

会议类型: 国内会议

会议名称: 中国微生物学会第三届全国微生物基因组学学术研讨会

会议地点: 厦门

会议语种:中文

页码: 32

在线出版日期: 2010-11-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）