拟穴青蟹线粒体COI基因序列克隆及SNPs位点筛选
本研究根据拟穴青蟹(Scylla paramamosain)线粒体全序列设计引物，采用PCR 产物双向测序法，克隆了线粒体细胞色素C 氧化酶亚基I（COI)基因部分序列(765bp)，并筛选、分析了拟穴青蟹的SNPs 位点。共分析了18个采自福建省宁德市的拟穴青蟹个体，另外，从GenBank 数据库中下载了33 条前人提交的拟穴青蟹COI 基因序列(长度在425bp-539bp 之间)。利用MEGA 4.0 生物学软件对所有序列进行分析，结果表明T、C、A 和G的平均含量分别为37.8”％”、17.9”％”、28.7”％”和15.6”％”，G+C的含量平均为33.5”％”。比对结果表明，在所克隆的765bp 长的COI 基因序列中共筛选到39个SNPs 位点，SNPs 位点出现频率为5.1”％”。在这39个SNPs 位点中，19个为C/T 转换(占48.7”％”)，14个为A/G 转换(占35.9”％”)，2个为A/C 颠换(占5.13”％”)，2个为A/T 颠换（占5.13”％”），1个为 G/C 颠换（占2.56”％”），另有一个位点(213bp 处)，发生了A/C 颠换、G/C 颠换和C/T 转换三种类型的碱基替换，未发现插入和缺失突变。由于GenBank 中的COI 序列比本研究所获得的序列短，因此，在39个SNPs 位点中，有31个位点出现在所有序列中，而另外8个位点仅出现在本研究所获得的序列中。氨基酸分析表明，在39个SNPs 位点中，有12个位点属于非同义突变，引起了氨基酸的变化；其他27个位点属于同义突变，未引起氨基酸的变化。本研究将为拟穴青蟹遗传背景和群体遗传多样性研究提供新的分子标记。
拟穴青蟹 聚合酶链式反应 基因序列 分子标记 遗传多样性
马群群 马洪雨 马凌波 马春艳 崔海玉
中国水产科学研究院东海水产研究所，农业部海洋与河口渔业资源及生态重点开放实验室，上海 200090 上海海洋大学水产与生命学院，上海 201306 中国水产科学研究院东海水产研究所，农业部海洋与河口渔业资源及生态重点开放实验室，上海 200090
国内会议
福州
中文
1-7
2010-11-01（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）