肺炎克雷伯临床菌株新基因组岛KpGI-2的鉴定
目的:结合生物信息学分析和分子生物学研究分析在一株肺炎克雷伯临床耐药菌株phe55 tRNA基因位点处的新基因组岛KpGI-2的结构和功能。方法:采用PCR方法扩增得到新的插入序列KpGI-2，通过测序以及生物信息学方法分析其序列结构并推测其生物学功能。采用细胞生长实验验证其生物学功能。结果:对于phe55 tRNA基因位点处PCR扩增得到的6.4 kb的插入序列KpGI-2，序列分析发现其GC含量为38.03%与肺炎克雷伯菌株基因组平均的GC含量57.5%存在明显不同；KpGI-2中含有163 bp的重复序列，可以确定为一个新的基因组岛。KpGI-2携带有5个orfs，其中orf5与沙门氏菌属中的Fic(filamentation inducedby cAMP,Fic)蛋白具有高度相似性。肺炎克雷伯临床菌株普遍携带有一个高度保守的fic基因以及一个相对保守的fic基因，携带有KpGI-2的临床菌株HS04160丢失了相对保守的fic基因。Fic蛋白是与细菌生长相关的时相调节蛋白，本研究通过细胞生长实验分析发现orf5以及KpGI-2中的其它三个基因在cAMP诱导下对细胞生长具有促进或者抑制作用，推测KpGI-2的功能可能与细菌生长的调节相关。结论：KpGI-2是位于肺炎克雷伯临床菌株基因组岛插入热点phe55 tRNA基因位点上的一个新基因组岛，它携带的基因与细胞生长相关。
肺炎克雷伯 细胞生长 临床菌株 PCR方法 基因组岛 序列分析
陈楠 蒋晓飞 李敏 魏取好 陈晓耘 欧竑宇 吕元
复旦大学附属华山医院 检验医学科 上海交通大学生命科学技术学院 微生物代谢实验室
国内会议
全球华人临床微生物及感染学会(GCAMID)第五届学术论坛暨中华微生物学和免疫学分会第八次全国临床微生物学术年会
西安
中文
194-201
2009-09-04（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）