不同PRRSV毒株间ORF1a基因密码子偏爱性差异分析
运用Codon W、ClustalX、TreeView软件及EMBOSS(TheEuropean Molecular Biology Open Software Suite)、CIMMiner在线分析软件对选取的29株PRRSV ORF1a基因进行密码子偏爱性聚类分析CAI、CBI、Fop、Nc、GC3s和GC含量、基因长度等相关性分析显示PRRSV各毒株编码的ORF1a基因密码子偏爱性各有差异,其中Lelystadvirus、LV4.2.1、VR-2332、RespPRRS MLV与国内分离的高致病性PRRSV变异株之间差异较大,密码子使用概率聚类分析表明CC-1、NVSL-97-7895、CH-1a、RespPRRSMLV.LV4.2.1、Lelystad virus与高致病性PRRSV变异株距离较远,而国内分离株相互间的聚类距离则较接近,此结果与基于氨基酸序列比对构建的系统进化树图谱基本一致,由此可见,PRRSV病毒ORFla基因密码子使用偏爱性的差别与病毒的遗传多样性密切相关。
猪繁殖与呼吸综合征病毒 ORF1a基因 密码子偏爱性 聚类分析 生物信息学 遗传多样性
招丽婵 邓雨修 王东东 苏润环 李春梅 徐贵娟 宋延华
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2009-09-01（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）