Friend鼠白血病病毒全基因测序及序列分析
目的：测定FV基因组序列并分析其多态性。 方法：以感染FV9天后小鼠脾脏为标本，提取总RNA。用随机引物将总RNA逆转录成cDNA。利用GenBank公布的序列设计6对特异性引物，以cDNA为模板重叠扩增FV基因组片断。PVR产物凝胶电泳分离纯化后，接入T载体，转化DH5 α大肠杆菌细胞，涂板。PCR及酶切鉴定后每组挑一个阳性菌落测序。除却载体序列后的6段序列用ContigExpress拼接，从而获得连续的基因组序列。利用软件Clustalxl.83对比其与其他5条GenBank中的全基因组序列，分析SNPs信息、插入/缺失序列等。利用Phylip软件绘制进化树。 结果：①测序获得7610nt基因组序列信息，缺乏部分非编码区信息(5”约500nt，3”端约150nt。②与GenBank中的5条已知序列比较后发现341处SNPs。其中gag基因含有65nt SNPs，其变异频率为4.0％；pol基因含有161nt SNPs，其变异频率为4.5％；env基因含有97ntSNPs，其变异频率为4.78％。⑧341处SNPs只有一处出现了三等位基因,其余皆为二等位基因。④80.6％的SNPs表现为碱基转换(A→G和T→C)⑤在nt7480-7490之间发现各基因组出现显著的插入/缺失变异，多达84nt。⑥nt4849的突变导致pol基因终止密码子由nt5320-5322提前至nt4849-4851。这个突变导致pol编码蛋白减少157个氨基酸。 结论：FV作为逆转录病毒其基因变异频率远高于其他RNA病毒和DNA病毒。SNP主要表现为以碱基转换为主(A →G和T→C)，且多数为复等位基因。
白血病 FV基因组 全基因测序 序列分析 逆转录病毒
周崇俊 张奉学 张俊丽 符林春 王新华
广州中医药大学热带医学研究所 广东 广州 510407
国内会议
郑州
中文
59-67
2007-11-01（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）