基于“块-单元”数据结构的并行分子动力学

摘要：

分子动力学模拟方法被广泛应用于研究材料和一些凝聚态物质的性质。为满足大规模、非均匀分子动力学模拟需求，本文开发了基于“块-单元”数据结构的可扩展并行算法。为保持在模拟过程中各处理机间负载平衡,它采用空间填充曲线把三维区域分解转换为一维负载平衡问题，然后采用基于实测的多层均权法动态地调整负载。实测数据表明它们在实际应用中具有很好的可扩展性。

关键词： 分子动力学 分子结构 计算机群 并行计算

作者: 曹小林 莫则尧 张景琳

作者单位: 北京应用物理与计算数学研究所高性能计算中心计算物理实验室,北京 100088

会议类型: 国内会议

会议名称: 第8届全国并行计算大会

会议地点: 辽宁大连

会议语种:中文

页码: 157-160

在线出版日期: 2004-07-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）