mRNA可变剪接分析软件AltSplice的并行优化分析与实现

摘要：

经证实，人类基因数目只有3万个左右,这甚至比一些植物的还少，但在进化水平上人类却无疑高级得多,人们推测一个重要原因是人类基因大量(35％以上)涉及mRNA可变剪接，mRNA的可变剪接使得一个基因能表达出多个不同的蛋白质，这使得人在蛋白质组水平上表现出极高的复杂性。 本文对mRNA可变剪接分析软件AltSplice进行了并行优化分析与优化方案的选择，分析解决了原AltSplice软件中Nbest参数选取欠合理的问题,结合实验实现了基于MPI平台的并行AltSplice版本，并在5万亿次的联想深腾6800高性能计算机上获得了较好的运行性能。

关键词： 人类基因 基因测序 可变剪接 并行计算

作者: 牛北方 郎显宇 陆忠华 迟学斌

作者单位: Supercomputing Center,Computer Network Information Center,CAS,Beijing 100080,China Supercomputing Center,Computer etwork Information Center,CAS,Beijing 100080,China

会议类型: 国内会议

会议名称: 第8届全国并行计算大会

会议地点: 辽宁大连

会议语种:中文

页码: 147-154

在线出版日期: 2004-07-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）