药物分子对接并行算法设计

摘要：

分子对接是计算机辅助药物分子设计(CAMD)中的一种重要方法，是大规模数据库筛选的理想途径。本文首先对分子对接理论进行了介绍，然后基于柔性配体分子与刚性受体分子的对接过程，建立一个数学规划模型，将分子对接中的构像搜索转化为求解约束极小化问题的过程，并采用带有空间收缩的小种群并行遗传算法进行求解。在分布式存储的并行机曙光3000上模拟计算表明,该设计具有很高的并行加速比,在保证分子对接的准确性和有效性的前提下,大大提高了分子构像搜索的速度。

关键词： 药物设计 分子对接 分子构像 并行计算

作者: 李纯莲 王希诚 陆杰 赵金城

作者单位: 大连理工大学电信学院计算机科学技术系,大连 116023;长春大学计算机科学与技术学院,130022 大连理工大学工业装备结构分析国家重点实验室,大连 116023 大连大学生物信息学与分子设计研究所,大连 116621

会议类型: 国内会议

会议名称: 第8届全国并行计算大会

会议地点: 辽宁大连

会议语种:中文

页码: 133-139

在线出版日期: 2004-07-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）