基于蛋白质翻译后修饰鉴定软件的两类并行优化模式 实现与比较

摘要：

在生命体复杂的生命过程中，蛋白质翻译后修饰（PTMs）的调控作用尤为关键。当前，对于蛋白质翻译后修饰的鉴定无疑已成为计算 蛋白质组学的重要任务。InsPecT软件因能盲搜索鉴定蛋白质翻译后修饰而备受瞩目，但其计算时间复杂度之高却是应用的主要瓶颈。本文针对InsPecT软件分别实现了对等和主从两种模式的并行优化方案。比较结果显示，主从模式并行的P_InsPecT软件，因采用了有效的数据动态分配方法与主从处理器及时响应方式，维持了更优的负载平衡，加速效果突出。

关键词： 生物数学 专用软件 蛋白质翻译 蛋白质组学

作者: 涂强 郎显宇 陆忠华 迟学斌

作者单位: 中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心 北京 100190;中国科学院研究生院 北京 100049 E-mali: [e-mail] 中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心 北京 100190

会议类型: 国内会议

会议名称: 2008年全国高性能计算机学术年会

会议地点: 无锡

会议语种:中文

页码: 486

在线出版日期: 2008-10-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）