一种新的DNA序列重复片段的查找算法

摘要：

寻找DNA序列中的重复片段是DNA序列挖掘中的一项重要的研究内容,它是基因分析的一个重要问题。通常的方法采用特定的索引结构如后缀树、后继数组等,算法效率有待提高.提出一种新的索引结构,并在此基础上提出了MSATR算法。MSATR算法可以适用于各种不同相似度定义的DNA重复片段的查找.分析和实验表明,MSATR算法时间和空间复杂度为O(n).实验结果表明,MSATR算法有较好的查找效率,并且MSATR算法能得到较好的查找结果.

关键词： DNA序列挖掘 相似性重复片段 片段相似度 MSATR算法 空间复杂度

作者: 郭顺 管河山 姜青山

作者单位: 厦门大学软件学院 福建厦门 361005 厦门大学计算机科学系 福建厦门 361005

会议类型: 国内会议

会议名称: 第二十五届中国数据库学术会议(NDBC2008)

会议地点: 桂林

会议语种:中文

页码: 414-418

在线出版日期: 2008-10-24（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）