三维分子动力学模拟的OpenMP并行程序设计

摘要：

OpenMP有循环级和SPMD(单程序多数据)两种编程方式。本文详细介绍了三维分子动力学模拟程序MDP的两种OpenMP并行程序设计方法。循环级方式的OpenMP程序编程简单但可扩展性很差;SPMD方式的OpenMP程序可以将数据局部化,实现粗粒度的并行,获得良好的可扩展性.测试结果表明,循环级方式的OpenMP程序只在处理器数据局少时有较好的加速比,而SPMD方式的OpenMP程序具有跟MPI相当的并行性能,可以近似线性地扩展到4096个处理器。

关键词： 分子动力学 并行计算 并行程序设计 OpenMP程序 三维模拟

作者: 张文勇

作者单位: 国防科技大学计算机学院软件所,湖南长沙,410073

会议类型: 国内会议

会议名称: 2007年全国高性能计算学术年会

会议地点: 深圳

会议语种:中文

页码: 543-548

在线出版日期: 2007-10-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）