口蹄疫分型诊断芯片探针设计初报
对O型FMDV 8个基因型、A型FMDV 3个基因型和AsiaⅠ型口蹄疫病毒(Foot-and-Mouth Disease Virus,FMDV)设计出基因型特异性探针,使其不但能够将同一血清型内的不同基因型FMDV序列区分开,而且也能够将其与其他血清型FMDV序列区分开。从美国GenBank与英国世界口蹄疫参考实验室(WRLFMD)基因库下载FMDV基因序列1327条,其中O、A和AsiaⅠ型FMDV全VP1基因序列547条.将每一血清型毒株序列应用DNAStar软件中的ClastalW工具进行多重比对后,用TreeView绘制系统发育树,通过系统发育分析对其进行基因分型。在确定序列的基因型基础上,用生物学软件BioSun2.0建立各基因型的数据库并设计探针.用设计出的探针BLAST(搜索)上述基因库中下载的所有序列,对探针进行筛选.最终应用BioSun2.0,针对O型FMDV的8个基因型共设计出55条型特异性探针,针A型FMDV的3个基因型共设计出40条型特异性探钟,；针对AsiaⅠ型FMDV设计出了9条型特异性探针.正在通过芯片探针与PCR靶标的杂交实验对这些寡核苷酸探针进行特异性和敏感性评估.
口蹄疫 分型诊断 VP1基因 基因芯片 寡核苷酸探针
相磊 陈小玲 李伍举 梁之昶 章振华 胡国良 徐福洲 石岗
江西农业大学动物科技学院,南昌,江西,330045;北京市农林科学院畜牧兽医研究所,北京,100097 北京市农林科学院畜牧兽医研究所,北京,100097 军事医学科学院基础医学研究所,北京,100850 新疆农业大学动物科技学院,乌鲁木齐,新疆,830052 江西农业大学动物科技学院,南昌,江西,330045
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182-186
2007-09-20（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）