Blast工具的介绍和并行优化

摘要：

随着基因组计划的实施,分子生物信息迅速的增长.以核酸序列数据库为代表的分子生物信息数据正以指数增加,而对于这些实验数据在计算机上的存储检索却远远跟不上这种发展.因此我们需要对原来的生物学数据处理工具进行研究和改进.本文介绍了当前最为流行的核酸序列数据库检索程序-Blast,分析了制约Blast性能的原因,最后实现了对串行Blast进行并行化,通过在曙光2000上的测试,证实了这种优化工作大大改进Blast的检索性能.

关键词： 分子生物信息处理 基因序列数据库 检索工具 模式匹配算法 并行程序设计

作者: 李昭

作者单位: 中国科学院计算技术研究所

会议类型: 国内会议

会议名称: 中国科学院计算技术研究所第六届计算机科学与技术研究生学术讨论会

会议地点: 大连

会议语种:中文

页码: 142-149

在线出版日期: 2000-07-01（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）