上海及河南地区HIV-1 gag基因p24蛋白编码区序列变异性及亚型分析
目的:了解目前我国河南及上海地区HIV感染者p24蛋白编码区的基因变异性以及亚型的分布状况.方法:收集河南及上海地区37份已经证实的HIV-1感染患者的血浆标本并抽提出RNA,其中25份采自于河南,感染途径主要是非法采血;12份采自于上海,主要为经输血制品感染的血友病患者以及经性接触感染者.采用RT-PCR和Nested-PCR的方法扩增所需的目的基因,使用DNA测序仪直接测序;应用CLUSTAL X、PHYLIP等软件对序列进行比对及进化树分析.结果:亚型分析表明所有样本中83.8％为(31/37)为B亚型,在25例河南患者中23例(92％)为B亚型,2例为A亚型;在12例上海患者中8例(66.7％)为B亚型,1例为A亚型,2例为CRF01_AE亚型,1例为CRF02_AG亚型.分别对河南与上海地区的B亚型序列进行分析,与国际共享序列相比,23例河南B亚型的p24编码区中发生核苷酸改变的位点比例为1.6％～4.2％,平均为3.2％;8例上海B亚型核苷酸位点改变的比例为2.0％～3.8％,平均为3.4％.在所有变异位点中均未发现有连续G->A的高度突变.两组B亚型内平均基因离散率分别为3.7％和3.5％,B亚型与其它亚型之间的基因离散率则为11.1％～12.5％.应用CLUSTAL-X分别得出河南及上海地区各自的B亚型共享序列并与国际共享序列进行比对,发现这两个共享序列产生氨基酸变异的比例均为2.2％(5/231),其中有3个变异位点相同,分别为A14P、I91V及E180D,而这两个共享序列之间的差异却极小,仅为0.9％(2/231).进化树分析亦表明所有样本中大多为B亚型,且所有来自河南的B亚型样本以及大部分上海的B亚型样本多与源自泰国的B”亚型相距较近.结论:我国河南及上海地区HIV感染以B亚型较为多见,两地区的B亚型之间有较高的同源性,且p24蛋白有共同的氨基酸变异位点.
HIV-1 人类免疫缺陷病毒1型 亚型分析 gag基因 序列分析 基因突变
尹春煜 卢洪洲 蒋卫民 胡越凯 赵清霞 何云 孙洪清 潘孝彰 翁心华
复旦大学医学院附属华山医院传染病科,上海,200040 郑州市第六人民医院传染科,河南郑州,450000 上海市传染病医院,上海,200083
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2004-12-01（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）