同源RNA序列搜索的并行化研究与实现

摘要：

cmsearch程序是目前最流行的同源RNA搜索工具之一,其最大的缺陷在于搜索速度过慢,严重影响了其应用范围.本文在细致分析cmsearch串行程序的基础上,基于序列划分策略采用两级工作池方式实现同源RNA的并行搜索,并对其中所涉及的参数和负载平衡问题进行了优化.测试结果表明,该并行处理方法具有良好的可扩展性,在120个处理器时,并行效率可达86.3％,能够用于全基因组范围内的大规模同源RNA序列搜索.

关键词： 同源RNA序列 两级工作池 并行化

作者: 严繁妹 骆志刚 管乃洋 丁凡 王金华

作者单位: 国防科技大学,计算机学院,湖南,长沙,410073

会议类型: 国内会议

会议名称: 中国科学院计算技术研究所第九届计算机科学与技术研究生学术讨论会

会议地点: 青岛

会议语种:中文

页码: 627-632

在线出版日期: 2006-07-31（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）