多序列比对软件T-Coffee的并行化设计与实现

摘要：

T-Coffee是广泛用于核酸或氨基酸的多序列比对工具.它通过生成基本信息库,扩展库,生成指导树,渐近式比对四个阶段来完成多序列的比对.本文分析了T-Coffee串行算法及其复杂度,并提出了基于SMP机的并行化版本.我们的目标是使其充分并行化,实验结果表明它明显的提高了性能,并得到了很好的相对加速比.

关键词： 全局比对 局部比对 渐近式算法 共享内存多处理机 多序列比对软件

作者: 靳新 骆志刚 王金华 张雯

作者单位: 国防科学技术大学并行与分布处理国家重点实验室,湖南,长沙,410073

会议类型: 国内会议

会议名称: 2006年全国高性能计算学术会议(HPC 2006)

会议地点: 北京

会议语种:中文

在线出版日期: 2006-10-27（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）