LARPBS上的快速可扩放的序列比对算法

摘要：

本文给出了一种在LARPBS上进行基于求最大值操作的O(1)时间的前缀和算法。在此算法的基础上,给出了在LARPBS上的快速序列比对算法,对于长度为m、n的两个序列,该算法使用p个处理机可以在O(mn/p)时间完成,这里p满足1≤p≤max”m,n”。该算法允许通过p的选取来调节处理机的个数和时间复杂度,使得算法具有很好的可扩放性。

关键词： 线性阵列系统 流水光总线 并行计算模型 快速序列比对

作者: 陈娟 刘维 陈崚

作者单位: 扬州大学信息工程学院计算机系,扬州,225009 扬州大学信息工程学院计算机系,扬州,225009;南京大学软件新技术国家重点实验室,南京,210093

会议类型: 国内会议

会议名称: 2006中国计算机学会体系结构专委会学术年会

会议地点: 成都

会议语种:中文

页码: 338-341

在线出版日期: 2006-08-17（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）