微生物种群测序序列统计聚类方法
使用全基因组鸟枪测序法对微生物种群进行测序,常用动态规划方法寻找两两序列片断之间的重叠区域,根据重叠信息拼接出全序列.由于种群中物种数量与分布情况未知,获取的序列片断来自不同的物种或基因组,上述方法对不可能拼接在一起的序列片断也需要计算,浪费了大量的计算资源.为有效地减少序列拼接的计算量,提出一种基于G+C含量并结合多个长度变量的相对熵的盲聚类方法,即先对序列片断进行盲聚类,然后再在类内利用动态规划寻找序列片断之间的重叠区域,根据重叠信息进行序列拼接.仿真实验表明这种盲聚类方法简单有效。
微生物种群测序 盲聚类 全基因组鸟枪测序 序列拼接 序列统计聚类
杨文璐 张丽清
上海交通大学计算机科学与工程系,上海,200030;上海交通大学系统生物研究所,上海,200030;上海海事大学电子工程系,上海,200135 上海交通大学计算机科学与工程系,上海,200030
国内会议
北京
中文
77-81
2005-09-23（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）