基于局部优化策略的DNA序列压缩算法

摘要：

本文描述了DNA序列的压缩问题并简要回顾了相关工作，针对其中用（广义）后缀树寻找DNA序列中的冗余信息这一类方法中存在的问题，在广义后缀树的最长公共子串对应的路径上引入优化策略，找出当前最适于压缩的冗余子串，实验表明，用局部优化策略找出的冗余子串和2阶算术编码对DNA序列进行压缩可以有效地提高压缩效果。

关键词： DNA序列 压缩算法 局部优化 基因数据 海量数据

作者: 骆吉洲 李建中 杨昆 赵锴

作者单位: 哈尔滨工业大学计算机科学与技术学院,哈尔滨,150001 哈尔滨工业大学计算机科学与技术学院,哈尔滨,150001;黑龙江大学计算机科学与技术学院,哈尔滨,150080

会议类型: 国内会议

会议名称: 第二十一届中国数据库学术会议

会议地点: 厦门

会议语种:中文

页码: 711-716

在线出版日期: 2004-10-14（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）