由基因型SNP数据推断相应单体型的Markov链统计方法

摘要：

本文建立了一类由基因组SNP数据推断相应单体型(haplotype)的Markov链统计方法.该方法可适用于SNP标记连锁性(linkage disequilibrium)较弱的长程SNP标记图谱(long marker map)的相关性(association)分析,该种图谱对整个基因组范围的相关研究和复杂疾病研究非常重要.我们获得了一个寻求最优单体型重构的动态规划算法,该算法能以n的线性时间求解单体型最优重构的精确最优解.最后的模拟计算试验也表明该方法是非常有效的.

关键词： 单体型 基因型 SNPs Markov链 动态规划算法 组合优化 单体型最优重构

作者: 张继红 吴凌云 王勇 李珍萍 章祥荪

作者单位: 中国科学院数学与系统科学研究院生物信息研究中心(北京);北京外国语大学国际商学院(北京) 中国科学院数学与系统科学研究院生物信息研究中心(北京)

会议类型: 国内会议

会议名称: 中国运筹学会第七届学术交流会

会议地点: 青岛

会议语种:中文

页码: 1268-1277

在线出版日期: 2004-10-01（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）