MPI+OpenMP在生物序列拼接算法phrap并行化中的应用

摘要：

生物序列拼接问题,是生物信息学中的关键问题之一.phrap算法是目前最常用的拼接算法,然而phrap算法的运行时间以及对内存空间的庞大需求,已成为生物数据处理的瓶颈.针对这一问题,本文分别对phrap算法的3个步骤提出了不同的并行策略,并且利用MPI和OpenMP在曙光3000并行计算机上实现了phrap的并行化,获得了较好的结果.

关键词： 生物序列拼接 phrap MPI 并行 并行计算机 体系结构

作者: 张法 陈子阳 刘玮

作者单位: 中国科学院计算技术研究所(北京) 燕山大学计算机系(秦皇岛)

会议类型: 国内会议

会议名称: 2002年全国计算机体系结构学术会议

会议地点: 秦皇岛

会议语种:中文

页码: 118-121

在线出版日期: 2002-08-22（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）