'云香'水仙转录组SSR位点分析及花期分子标记开发
SSR分子标记,作为水仙属植物遗传多样性和种质资源鉴定的重要分子标记.为了开发新的水仙SSR标记,本研究通过运用生物信息学软件MISA检测'云香'水仙不同花期转录组序列中的SSR序列位点,并运用Primer 3.0软件对检索到的SSR序列进行引物设计.结果显示,本研究中共检测到14581个SSR位点,分布在12361条unigenes中,出现频率为19.95％,平均距离3.87kb/SSR；SSR长度为12～30bp不等；重复次数为4～24次不等.其中,单核苷酸重复类型占比最高(52.82％),二核苷酸重复类型(16.72％)和三核苷酸重复类型(26.92％)次之.除单核苷酸重复基元外,二核苷酸重复基元AG/CT出现频次最高,而AAG/CTT次之.通过筛选共计得到16355对SSR引物.从筛选的引物中随机挑选20对交由生物公司合成,然后进行RCP扩增,20对引物中有16对引物扩增出比较清晰的条带,扩增率高达80.00％.'云香,水仙不同花期转录组测序数据,可以当作SSR标记开发的有效来源之一,该转录组中的SSR位点出现频次较高、种类较多、多态性潜能较高,可用于水仙属植物的遗传多样性分析、种质鉴定和分子育种等.
多花水仙 转录组 SSR
刘洋 陈晓静
福建农林大学园艺学院,福州350000
国内会议
北京
中文
489-494
2019-08-01（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）