姜花miR164家族的生物信息学分析
miR164家族是植物特有的一类miRNA,参与植物整个生命过程的调控.本论文利用生物信息学手段,分析了姜花miR164家族在姜花生长发育及胁迫响应中的作用,为其在姜花的分子育种和品种改良方面的研究提供理论基础.利用 miRBase、psRNATarget、PLACE、PlantCARE 和 NCBI 数据库以及 ClustalX2.0、MEGA6.0、PlantCARE、TBtools和mfold软件对hco-miR164基因家族的序列情况、染色体定位、靶基因调控功能、启动子元件、二级结构和系统发育树进行生物信息学分析.在姜花sRNA组数据库中搜索到9条hco-miR164基因同源序列,分别分布在5条染色体上,其中位于Chr10、Chr15、Chr05上各有2条,位于Chr09、Chr03和000734F_arrow_pilon上各有1条.9个hco-miR164基因家族成员共预测到8个靶基因,主要为NAC家族成员,其中包括CUC2(NAM超家族成员)和NAC转录因子,还有一个萜类合成酶TPS,受体蛋白激酶LRR-RLK和锌指蛋白ZINC1ohco-miR164基因家族成熟序列的碱基保守性很高,其前体序列均可形成稳定的二级茎环结构.启动子中顺式调控元件分析表明,大多数顺式作用元件在hco-miR164基因家族启动子序列中分布不均,其中以ABRE、MYB和MYC元件数目居多.本研究为探寻miR164基因家族在姜花生长发育及胁迫响应中的调控作用提供了数据基础和理论依据.
姜花 miR164家族 生物信息学 启动子分析
刘亮 李欣 余让才 范燕萍
华南农业大学生命科学学院;华南农业大学花卉研究中心 华南农业大学花卉研究中心;华南农业大学林学与风景园林学院,广州510642
国内会议
北京
中文
504-510
2019-08-01（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）