基于高通量测序的川陕哲罗鲑转录组分析
川陕哲罗鲑(Hucho bleekeri)是长江上游特有的珍稀鱼类,国家Ⅱ级保护动物.曾广泛分布于岷江和大渡河水系,由于人类活动和环境变化的影响,其种群数量急剧下降,被列为IUCN红色名录和中国生物多样性红色名录极危(CR)物种.本研究采用Illumina Hiseq 4000高通量技术测定了川陕哲罗鲑幼鱼转录组,使用生物信息学方法分析了其基因功能和表达状况.测序获得7 056 975个reads片段,对其进行质控、组装后获得203 888个转录本,N50为1 854bp.使用NR和GO数据库进行注释,共得到79个2级的GO条目,其中,大量转录本与细胞组件、细胞过程有关.KOG注释将转录本的功能划分为26类,最大类为信号转导机制.KEGG通路分析发现,转录本大量归属于信号转导通路.川陕哲罗鲑幼鱼转录组中共发现26 371个SSR,出现频率最高的为AC/GT重复单元；共发现2 696 705个ORF.本研究对川陕哲罗鲑转录组的分析结果,可为今后的相关研究提供参考.
川陕哲罗鲑 转录组 基因注释 SSR ORF
文秦超 张修月 李华 宋昭彬
四川大学生命科学学院,四川省濒危野生动物保护生物学重点实验室,四川成都 610065 四川省农业科学院水产研究所,四川 成都 611731 四川大学生命科学学院,四川省濒危野生动物保护生物学重点实验室,四川成都 610065;四川大学生命科学学院,生物资源与生态环境教育部重点实验室,四川 成都 610065
国内会议
武汉
中文
247-256
2018-11-03（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）