一种多序列比对分治算法DCA-ClustalW

摘要：

多序列比对是生物信息学研究中最基本的一项内容,多序列比对的精确算法是一个NP-hard问题,一般研究者都侧重于设计多序列比对近似算法,最有代表性的近似算法是ClustalW;分而治之是一种重要的算法设计思想,它将复杂问题分割成更简单的子问题来解决,能有效提高算法效率.本文设计了一个DCA-ClustalW算法,对多序列比对问题,同时考虑从纵向和横向两个方面将复杂问题分割成简单易解的子问题,在BaliBase基准数据集上测试表明,该算法是可行的.

关键词： 多序列比对 分而治之 DCA-ClustalW算法

作者: 业宁 张倩倩 许翠云

作者单位: 山东大学计算机科学与技术学院,济南,250061;南京林业大学信息科学技术学院,南京,210037 南京林业大学信息科学技术学院,南京,210037

会议类型: 国内会议

会议名称: 第四届江苏计算机大会

会议地点: 南京

会议语种:中文

页码: 30-33,80

在线出版日期: 2010-11-19（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）